바이러스 및 바이러스가 감염하는 기주(식물과 곰팡이)에 대한 전체 게놈 정보가 파악되고 이용됨에 의해 바이러스와 기주 간의 상호작용에 대한 연구는 각 모델 바이러스 연구 분야의 핵심부분으로 자리잡아가고 있다. 따라서 본 연구실은 RNA virus를 대상으로 하여 바이러스의 복제기작, 바이러스 유전자들의 기능 구명 및 단백질 간 상호작용에 관한 연구와 바이러스의 증식에 관여하는 기주단백질 구명에 관한 연구를 크게 수행하고 있다. 연구 모델 바이러스로는 Potexvirus속 대표 바이러스의 하나인 Potato virus X (PVX)와 potyvirus속 바이러스인 Soybean mosaic virus(SMV) 및 Zucchini yellow mosaic virus(ZYMV), 그리고 곰팡이에 감염하는 dsRNA 바이러스 등을 대상으로 바이러스의 기주침입 후 바이러스 증식에 관여하는 바이러스 인자(cis-acting elements)들을 구명하는 연구를 수행하고 있으며 이들 바이러스 요인과 상호작용하여 바이러스의 증식 및 병징 발현에 관여하는 기주인자들을 파악하는 연구를 수행하고 있다. 

연구의 수행에는 감염가능한 바이러스 클론을 이용한 돌연변이체의 형성하고 이들의 감염에 의한 도입된 각 돌연변이가 기주 세포 안에서 바이러스의 증식에 미치는 영향을 생화학적, 분자생물학적으로 평가하고 있으며 특정 대상 유전자의 특성구명을 위하여 유전자를 대장균에 대량으로 발현시키고 순화하여 이용하고 있고 바이러스의 각 유전자들 간의 상호작용 및 바이러스와 기주 유전자의 상호작용을 연구하기 위하여 yeast two-hybrid와 three-hybrid assay 등을 이용하여 각 유전자 간의 상호작용을 분석하고 구명하는 연구를 수행중이다. 또 다른 연구 분야로는 바이러스의 증식 및 병 진전 또는 식물의 방어기작에 관여하는 인자들을 파악하고 그 특성을 구명하기 위하여 EST 클론을 이용한 병원성 및 저항성유전자를 구명하는 일을 수행하고 있다. 이러한 연구의 결과는 바이러스의 증식과정, 각 유전자의 발현 기전 및 바이러스와 기주 간의 상호작용을 이해하는데 많은 도움을 줄 것이다.